Il koji è un ingrediente fondamentale nella produzione del miso. Il koji è riso bianco inoculato con un fungo specifico, l'Aspergillus oryzae, che ne scompone gli amidi rendendolo più digeribile e adatto alla fermentazione successiva.
La preparazione del koji richiede attenzione alla pulizia, al controllo della temperatura e alla gestione dei tempi.